環(huán)境績(jī)效審計(jì)存在的問題有：

　　1、理論研究滯后。環(huán)境績(jī)效審計(jì)理論的研究學(xué)者少，研究方法不系統(tǒng)，研究手段單一，企業(yè)的重視程度也比較低；

　　2、缺少法規(guī)支持。環(huán)境績(jī)效審計(jì)較為特殊、復(fù)雜。我國(guó)現(xiàn)有的環(huán)境保護(hù)法律和資源保護(hù)法律都不能具體指導(dǎo)審計(jì)工作的有效開展；

　　3、缺乏環(huán)境會(huì)計(jì)制度?，F(xiàn)行會(huì)計(jì)理論和制度不能反映和監(jiān)督資源損耗的環(huán)境成本，更沒有與環(huán)保相關(guān)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)記錄、計(jì)量的具體標(biāo)準(zhǔn)；

　　4、管理部門權(quán)責(zé)不清。審計(jì)機(jī)關(guān)具有審查環(huán)境管理的權(quán)力，但無法審查環(huán)保機(jī)構(gòu)、環(huán)境法規(guī)等隸屬于環(huán)保部門管理的內(nèi)容；

　　5、缺乏環(huán)保領(lǐng)域知識(shí)。審計(jì)人員空有財(cái)審知識(shí)，卻欠缺環(huán)境管理、環(huán)境經(jīng)濟(jì)評(píng)價(jià)等相關(guān)領(lǐng)域的專業(yè)知識(shí)。